ini sebenernya bukan masalah serius kalau di shared hosting, kalau vps dan asal install cpanel doang tanpa ngerti settingannya seperti saya, maka jadi masalah besar. Script php yang diunggah nggak bisa diakses.
Muter sana sini, ternyata gara-gara permission-nya yang salah, karena saya pake sekuriti suPHP dan setting default-nya strict banget. Maka file php harus CHMOD 0644 dan folder 755.
kalo di commandline tinggal ketik ini (khusus yg punya akses root)
# cd /home # find /home/*/public_html -type f -name '*.php' | xargs chmod 0644 -- # find /home/*/public_html -type d | xargs chmod 0755 --
tanda ‘*’ bisa diganti dengan user cpanel atau biarkan * untuk mengubah semua permission di semua akun cpanel.
sumber: https://forums.cpanel.net/threads/500-internal-server-error-with-php-file.150233/
atau bisa juga biar efisien ada yang sudah bikin script .sh yang gampang pakainya, http://boomshadow.net/tech/fixes/fixperms-script/